Programy na zpracování NMR spekter

Na zpracování NMR spekter lze využít několik programů, většina z nich je samozřejmě placená. Nejrozšířenější jsou asi TopSpin a MNova.

TopSpin

TopSpin je program od firmy Bruker určený jak pro měření, tak pro zpracování naměřených dat. Je dostupný pro Windows 7 a 10 i pro CentOS. Pro uživatele z akademického prostředí je TopSpin zdarma. Na youtube se dá najít poměrně dost videotutoriálů k tomuto programu.

MNova

MNova, dříve MestreNova, ještě dříve Mestrec je program, který zvládá zpracování NMR (a dalších) spekter nejez ze spektrometrů firmy Bruker. Je dostupný pro windows, linux i mac. Na webu se dá stáhnout 45 denní trial licence, která umožní základní otestování programu.

MNova má pěkně zpracované tutoriály dostupné na youtube.

Spinworks

Spinworks (dále zde a zde) je volně dostupný program umožňující zpracování a simulaci NMR spekter. Zvládá 1D-3D NMR spektra. Nejnovější verze je dostupná pouze pro Windows, starší jsou i pro Linux. Tomuto programu se budu věnovat trochu podrobněji.

Po spuštění programu zvolíme pomocí dialogu Open soubor s FIDem, který je následně zobrazen.

Po kliknutí na tlačítko Process transformujeme FID na spektrum.

Spektrum sfázujeme buď pomocí tlačítka AutoPhase, příp. pokud automatika nezabere, tak ručně tlačítkem Phase (žluté). Zvětšení určité části spektra se dá provést jednoduše pomocí kliknutí myší a táhnutí kurzoru na konec oblasti ke zvětšení.

Píkování spektra provedeme jednoduše pomocí volby
Peaks and Integrals -> Pick Peaks and Append to List
pokud systém neoznačí některé méně intenzivní píky, můžeme posunout hranici pomocí zeleného tlačítka PP Min.

Poslední funkce, na kterou se dnes podíváme je integrace. K tomu slouží tlačítko Integrate, oblasti k integraci zvolíme tak, že klikneme myší na začátek a poté na konec oblasti.

SpinWorks zvládne i 2D a 3D NMR spektra, např. následující obrázek ukazuje 1H-13C HSQC spektrum. V případě 2D otevíráme datový soubor ser. A transformaci musíme provést v obou dimenzích, tzn. použijeme tlačítko Proc. Both.